中国科学院生态环境研究中心（简称“生态环境中心”）始建于1975年，前身为经国务院批准成立的中国科学院环境化学研究所。经国家科委和中国科学院批准，1986年与中国科学院生态学研究中心(筹)合并，改为现名。 
　　生态环境中心现有在职职工473人，包括中国科学院院士2人、中国工程院院士2人、发展中国家科学院院士3人，研究员105人、副研究员和工程师125人、中级研究人员108人。中心有环境科学、环境工程、生态学、分析化学、有机化学、环境经济与环境管理博士学位点，有环境科学、环境工程、生态学、分析化学、有机化学、环境经济与环境管理硕士学位点，环境工程、生物工程等工程硕士学位点。设有环境科学与工程、生物学、生态学3个博士后流动站，为中国科学院博士生重点培养基地。现有在学博士生471人、硕士生369人，在站博士后研究人员187人。 
　　生态环境中心以“国家生态环境安全与可持续发展”为战略主题，充分发挥环境科学、环境工程、生态学三大学科的综合优势，实现多学科的相互渗透，研究和解决地区性、全国性以及性的重大生态环境问题，不断突破关系到国家生态安全、环境健康和可持续发展的重大科学理论和关键技术，为我国生态文明建设、实现人与自然的协调发展做出基础性、战略性、前瞻性贡献。自成立以来，先后承担并完成了大量国家、中国科学院、有关部委和省市的重大、重点研究项目以及国际合作项目，取得了一系列重要成果，并培养了一大批国家急需的生态环境科学与技术研究人才，与十余个国家的学术界建立了稳定的交流与合作关系，对我国生态环境科学领域创建和发展、为我国生态环境保护以及可持续发展做出了重要的贡献。 
　　生态环境中心现设有11个研究室（机构）：环境化学与生态毒理学国家重点实验室、环境水质学国家重点实验室、城市与区域生态国家重点实验室、中国科学院环境生物技术重点实验室、中国科学院饮用水科学与技术重点实验室、大气环境科学实验室、水污染控制实验室、土壤环境科学实验室、环境纳米材料实验室、固体废弃物处理与资源化实验室、大气污染控制中心。组建有“持久性有毒污染物形态、环境过程与毒理效应”、“环境微界面过程与污染控制”、“土地利用与生态过程”、“持久性有毒污染物的环境过程与毒理效应”等4个国家基金委创新研究群体和3个“中国科学院创新研究团队” 以及北京城市生态系统研究站。另设有文献信息中心、环境评价部、大型分析仪器实验室、二恶英实验室、水质分析实验室。二恶英实验室通过了实验室认可和计量、水质分析实验室通过计量。联合国环境规划署POPs分析示范实验室落户中心。与挪威共建中-挪环境综合研究中心。中心是农业部批准的农药登记残留试验单位之一。 
 
2018年与上海左乐合作订购一台冷光源光照培养箱LPGX-600A，达成合作。